Algunas de las enfermedades que son tratadas con la equinoterapia son:
esclerosis múltiple, desórdenes alimenticios, algunos tipos de minusvalías, traumas cerebrales, ceguera o sordera, dificultades intelectuales, parálisis, problemas de conducta, síndrome de down, y autismo entre otras.
Esta forma de medicina natural también ha demostrado que se puede aplicar con éxito en casos de drogodependientes o en personas con dificultades en la adaptación social.

Un punto importante y casi fundamental para entender el éxito de esta terapia es que el tratamiento no es visto como algo costoso o incómodo, no es un sacrificio que tiene como recompensa la recuperación, sino que se concibe como algo divertido y ameno, por lo que la predisposición del paciente ya está ganada.
Al ser un tratamiento al aire libre, también favorece la interacción con el medio ambiente y da mayor sensación de libertad.
Podemos decir que desde el ámbito psicológico, la equitación, la equinoterapia o la medicina natural con caballos mejora la autoestima y concentración de las personas tratadas, lo que a su vez tiene mucha influencia a la hora de la rehabilitación de la enfermedad.
Además de la rehabilitación física que esta terapia es capaz de conseguir en las personas, es fundamental la ayuda psicológica, ya que el simple hecho de ser capaz de controlar un caballo es muy gratificante.
Aunque la efectividad de esta medicina se ha comprobado en multitud de ocasiones, es imprescindible que vaya acompañada de otros tratamientos médicos.
El primer contacto con el caballo es fundamental para llevar una buena relación y que además, ésta sea especial. Es fundamental la confianza entre ambos. Por eso, lo principal es no tener miedo y hacerle caricias para ir conociéndose el uno al otro.

Como hemos dicho anteriormente, la equinoterapia no trata de enseñar a montar a caballo. Es mucho más que eso.
Consiste en conseguir la armonía entre el cuerpo y movimiento del caballo y las sensaciones de la persona.
Normalmente, la persona enferma se coloca en la cruz del caballo (parte más alta de la columna), aunque con el tiempo se irá variando las posturas para mejorar el equilibrio e incluso el riego sanguíneo en ciertas partes del cuerpo.
Normalmente el enfermo se sitúa en la cruz del caballo, lugar donde la columna del equino es más alta. Posteriormente se probarán otras posturas que favorezcan el riego sanguíneo, la estimulación sensorial y el equilibrio.
El número y duración que se tiene contacto con el caballo son esenciales. Deben ser progresivas, empezando normalmente con 15 minutos, dos veces a la semana, para posteriormente ir aumentándolo hasta la hora de duración.
Para una perfecta coordinación entre animal y persona se debe tener en cuenta que antes de montar es necesario una sesión de calentamiento, para acondicionar el cuerpo al ejercicio que vamos a realizar.
Y después de montar, también es necesaria una sesión de relajación para el caballo.